在一些营养丰富的水体中，有些蓝绿藻常于夏季大量繁殖，并在水面形成一层蓝绿色而腥臭味的浮沫，称为“水华”，大规模的蓝绿藻爆发，会引起水质恶化，严重时会因为耗尽水中氧气而造成鱼类的大量死亡，造成不可估量的经济损失。更为严重的是，蓝绿藻中有些种类（如微囊藻）还会产生毒素，大约50%的蓝绿藻爆发中含有大量毒素。这些毒素除直接对鱼类、人畜产生毒害之外，也是肝癌的重要诱因。

从本质上来说，蓝藻是原核生物，又叫蓝绿藻蓝细菌；大多数蓝藻的细胞壁外面有胶质衣，因此又叫粘藻。在所有藻类生物中，蓝藻是最简单、最原始的一种。蓝藻是单细胞生物，没有细胞核，但细胞中央含有核物质，通常呈颗粒状或网状，染色质和色素均匀的分布在细胞质中。该核物质没有核膜和核仁，但具有核的功能，故称其为原核（或拟核）。在蓝藻中还有一种环状DNA——质粒，在基因工程中担当了运载体的作用。和细菌一样，蓝藻属于“原核生物”。

蓝绿藻水质监测方法
富营养化是中国河流和湖泊水体普遍面临的严重问题。测量水体中的藻类密度和浓度就成为环境监测的重要指标之一。但是由于藻类的形成不仅与水质因素密切相关，而且与气象条件关系密切，因此，在监测蓝绿藻时时，人们往往不能只单纯的选择一个或者有限的几个指标进行监测，通常人们会对气象和水质进行综合的监测。
通常测量和监测蓝绿藻的方法有两种：计数法和荧光法，计数法虽为国标方法,但是因为费时和难以作到实时的数据,难以跟踪水体变化，因此只适合于作实验室里的测量方法；而荧光法因为能监测水体的实时数据，因此使得蓝绿藻在线监测成为可能。