水质自动监测站站房内的分析仪表、控制系统、配水及预处理系统等设备采用一体式机柜式安装方式，机柜在监测站房内的布局结合站点机柜的数量和监测站房仪表间的形状及尺寸进行定位，一般采取一字形、L形、工字形进行布局定位，安装应遵循以下原则：
机柜安装的地面应铺地砖，要求平整和水平、无震动，水质在线监测仪器附近无强电磁场干扰和和腐蚀性气体。
机柜安装方向一般要求机柜正面尽可能的正对监测站房的大门，采/配水单元机柜安装点尽量靠近外围采水管路进监测站房的位置，并要考虑站房内机柜采水管路安装方便，尽量少走弯头、少用接头，保证溢流通畅，这样可以保证站房内的采水管路尽可能的短，以确保采水系统的稳定运行和减少采水故障的发生。
一体化机柜之间通过长螺栓进行连接固定，具体是在两个机柜上下的横档位置各用两对规格为M8的长螺栓进行紧固，并注意机柜前后左右的平整。
由于一体式机柜尺寸为800mmX800mmX2000mm（长X宽X高），所以要求整体成型机柜的背面保持1000mm的空间，正面保持2000mm的空间，左右至少有一面保持600mm的空间，尽量保证整体机柜周围有足够的空间，方便机柜内设备的日常运行维护。
一体式机柜定位好后，尽可能保持监测站房内整体布局规范、科学、合理、美观。