这是一个系统而复杂的问题，首先我们先弄明白以下几点：
1、COD在污水处理中，并不难降下来，难处理的恰恰是氨氮，它叫化学耗氧量，不是BOD，BOD叫生物耗氧量。换句话说，用菌能处理的只是BOD，并不是COD。BOD是可生化处理的部分，组成BOD的部分主要是有机质，菌剂只能处理BOD。
  一般情况下，COD是大于BOD的，COD中不可生化的部分，菌剂一般是处理不了的。BOD/COD的比值一般是这种污水的可生化性指标之一，所以，如果是说到菌剂来处理，我们就只说BOD了。一般情况下，像生活污水、河道、养殖场粪污等，其COD基本上就是BOD。

2、到底用什么菌降低BOD比较好呢？可以这么说，只要是好氧性的细菌，都能降BOD。差异无非是耗氧分解它们，但在污水处理中，我们更需要经过微生物菌剂处理后，能形成菌胶团（一种絮状物团块）。
  在水产养殖中也有用生物絮团养殖模式的，这其中的生物絮团其实也就是菌胶团。为什么要形成菌胶团呢，因为我们的目的是为了净水，而不仅仅是为了分解有机质。净水的目的就是要把COD中的碳氮元素从污水中拿掉，即富集起来，通过沉淀后去除，彻底的拿掉它，成为干净透明的水。
  这需要我们的菌不仅要分解有机质，还要吸收它们，成为菌体细胞，形成菌胶团。只有形成有一定沉淀性的菌胶团（刚性或粗大的菌胶团），才能通过各种沉淀措施（絮凝剂，斜板沉淀池）把它们沉淀下来，再分离出这些沉淀物，从而实现净水的目的。
  从以上原理上说，我们选择菌剂就有方向了，分解有机质比较好的是芽孢杆菌，因为芽孢杆菌能分泌非常多的有机质分解胞外酶，并吸收它们，枯草芽孢杆菌就比较好了。如果是处理粪污粪便类的生活污水或养殖场污水，则以粪肠球菌屎肠球菌为好（并配合芽孢杆菌类），结合解磷解钾菌类，来释放磷并被吸收成菌胶团中的成分。
  有一些有特殊臭味的如有臭鸡蛋气味硫化氢的，还需要用到硫化物氧化细菌等。还有为了协同微生物的作用，还要用到酵母菌（产生B族维生素和细菌生长因子，为其他菌类提供特殊营养）。为了减少碳源的投入，有光照的污水处理场，还可以用光合细菌，可以节省人工碳源（因为光合细菌能利用二氧化碳作为碳源）。所以，我们所用的菌必须是一种复合菌。
  说到复合菌，其实比较好的污水处理厂的菌剂。污水处理厂本身经过长期培育出来的叫“活性污泥”，新建议的污水处理场，一般要培育2个月以上。活性污泥中复杂的微生物与废水中的有机营养物形成了复杂的食物链，担当净化任务的是异氧菌和腐生性真菌。
  细菌特别是球状细菌起者最关键的作用，优良运转的活性污泥，是以丝状菌为骨架由球状菌组成的菌胶团。沉降性好，随着活性污泥的正常运行，细菌大量繁殖，开始生长原生动物，是细菌一次捕食者。
  活性污泥常见的原生动物有鞭毛虫、肉毛虫、纤毛虫和吸管虫。活性污泥成熟时固着型的纤毛虫、种虫占优势；后生动物是细菌的二次捕食者，如轮虫、线虫等只能在溶解氧充足时才出现，所以当出现后生动物时说明处理水质好转标志。所以，实际上活性污泥是一种复合型的生物相体。
  在实践中，我们是以培育适合于本场的活性污泥为主。这种活性污泥，在运转一段时间后，趋于稳定，有时为了更好的处理效果，才添加人工菌剂。如强微的“城市垃圾污泥河段处理菌剂”，城市垃圾污泥河段处理菌剂也是一种复合菌剂，其中有好氧菌也有厌氧菌。
  好氧菌中包括粪肠球菌、屎肠球菌、反硝化细菌、解磷解钾菌、硫化物氧化细菌、酵母菌、乳酸片球菌、枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌。其他芽孢杆菌，模拟自然生态按合理的比例菌数复合而成，我们有处理猪场粪污的经验，一般每个月在活性污泥培育池或直接在曝气池中添加10克/立方米，一个月添加一次即可，可以显著增强污水的处理效果。
  所以说，这个问题本身并不是一个单个的菌能处理得了的，即使是在水产养殖池塘中。其实水产养殖水体也是一个污水处理厂，只是其中的COD、氨氮、总磷含量都极小的污水处理厂，并加上了藻类的生态系统，能在极短的时间内形成动态的生态平衡。
3、第三点，要高效处理COD，曝气是重要的一环，既然叫化学耗氧量。生物耗氧量（一般是指五日耗氧量），那么往系统中不断充入氧气是必须的，也是重要的一环，这是耗氧量的氧气来源，是必不可少的。
  只有在充足的溶解氧的前提下，微生物分泌的胞外分解酶才能丰富起来。微生物繁殖的速度快，才能快速的把有机污染物变成菌体细胞本身，才能较快的形成菌胶团。充分的曝气也是培育活性污泥的手段，以曝气为主，厌氧为辅。
4、要降BOD，还得有一个合理的BOD/TN的比例，这个比值，也可以叫碳氮比，即BOD和污水中总氮的比值。良好的高效处理有机污水的这个比值应该在10以上为好，也就是说，光有BOD，没有氮源（实际上不可能没有氮的，粪污中的氮很多），也是降不了BOD的。这是因为微生物菌剂的生长繁殖，需要C、N、P等主要营养元素，以及其他微量元素等；只有C元素（一般代表BOD）而缺少其他元素，也形成不了菌胶团。
  对于采用A/O工艺，即厌氧池/曝气池交替使用，既脱COD又脱总氮的工艺的。也即反硝化池/硝化池,交替使用，或采用大比例的回流（如回流比600%以上的，也相当于交替）的，则BOD/TN的比值最少也要4以上。因为反硝化池会脱氮，间接地也相当于提高了碳氮比。
  所以，具体情况要具体分析，并不是说用某一个菌就能处理一切的问题，不是这样的，不同的污染物来源不同，污水处理厂中所培育出来的活性污泥中的生物相也差别巨大，所用的人工菌剂也会有所不同。所以，这是一个比较系统而复杂的问题。